1. Concurrence avec le vison d'Amérique (Neovison vison)
Au cours des dernières décennies, la concurrence avec le vison d'Amérique a été la principale cause d'extinction du vison d'Europe à l'échelle européenne. Aujourd'hui, la propagation de cette espèce exotique envahissante reste la menace la plus inquiétante pour les dernières populations sauvages de vison d'Europe sur le territoire européen.
En raison de la concurrence directe pour l'habitat et les ressources alimentaires, le vison d'Amérique déplace le vison d'Europe. Il existe même des signes de prédation. En outre, il transmet également la maladie aléoutienne causée par le virus ADV (pour Aleutian Disease Virus), un parvovirus hautement contagieux. Les espèces allochtones menacent également d'autres espèces de mammifères riverains tels que le putois (Mustela putorius), le campagnol amphibie (Arvicola sapidus), le desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus) et plusieurs espèces d'oiseaux, entraînant leur disparition dans la majorité des cas.
2. Fragmentation de la population et déclin de la variation génétique
La population occidentale (franco-espagnole) de visons européen est désespérément isolée des autres populations connues (Delta du Danube, Russie). L'effectif de cette population sur le territoire espagnol ne dépasse pas 500 personnes, ce qui étend le réseau hydrographique dans lequel elle est présente d'une superficie d'environ 30 000 km2. Au risque posé par la petite taille s'ajoute la séparation actuelle en deux noyaux (espagnol et français) suite au déclin sévère de l'espèce en France et à l'établissement du vison d'Amérique dans la région Aquitaine.
On a récemment constaté que la variabilité génétique de la population de l'Ouest est inférieure à celle de la population de l'Est, probablement en raison de ce qu'on appelle l'effet fondateur. Cette circonstance accroît encore sa fragilité.
L'augmentation de la viabilité de la population sauvage de vison d’Europe passe par la réintroduction de nouveaux individus et la formation de nouveaux noyaux de population.
La situation décrite ci-dessus suggère qu'en Espagne, les problèmes de survie et de reproduction du vison d'Europe sont très probablement associés à une faible variation génétique. En effet, les observations effectuées ces dernières années indiquent que le vison d'Europe en Espagne pourrait avoir un taux de reproduction inférieur à celui observé dans la population orientale.
3. Faible responsabilité sociétale pour la conservation des espèces et des écosystèmes fluviaux
En quelques décennies, les connaissances scientifiques sur la biologie du vison d'Europe ont grandement évoluées. Il était en effet une espèce inconnue dans notre pays il y a moins de 30 ans. Cet intérêt se manifeste également dans la sphère populaire, du moins dans les régions où l'espèce est présente. Cependant, il ne s'agit pas d'une espèce emblématique et ses problèmes de préservation et ceux de son habitat ne sont pas facilement perceptibles par les citoyens, pas même par ceux qui développent des activités de loisirs ou de tourisme au sein des milieux fluviaux.
4. Les agents pathogènes (Maladie aléoutienne)
De tous les agents pathogènes qui peuvent affecter la population européenne de visons, la maladie aléoutienne (ADV) est probablement celle dont l'impact est le plus important.
La propagation du virus est principalement due à la présence du vison d'Amérique (échappé d'élevages d'animaux à fourrure) dans le milieu naturel. Cette maladie est une pathologie grave pour laquelle il n'existe aucun traitement préventif ou curatif. Elle affecte l'animal plus ou moins sévèrement selon la souche du virus, le génotype du vison et l'âge auquel l'infection se déclare. La maladie aléoutienne peut affecter toutes les populations de mustélidés semi-aquatiques (visons, putois d'Europe et loutres) présentes dans les rivières.
5. Destruction de l’habitat
Le vison d'Europe est un carnivore semi-aquatique dépendant des écosystèmes fluviaux, qui occupe principalement les cours d'eau moyen et inférieur, où la forte concentration des activités humaines entraîne une altération importante de la qualité des habitats. En Espagne, en particulier dans la région méditerranéenne, l'habitat disponible est rare, car le réseau formé par les cours d'eau réguliers est moins dense que celui que l'on trouve dans les bassins atlantiques voisins ou dans les régions d'Europe du Nord.
La modification des cours d'eau et des berges, la destruction de la végétation riveraine, l'assèchement des milieux humides et la pollution de l'eau entraînent une perte de qualité de l'habitat pour l'espèce, ce qui augmente sa vulnérabilité aux autres menaces.
6. Mortalité non naturelle. Collisions routières.
La répartition "linéaire" de l'habitat du vison d'Europe, son comportement spatial et la dégradation des écosystèmes fluviaux favorisent les accidents mortels dus aux collisions sur des axes routiers et aux points de passage des cours d'eau.
Cette menace, bien qu'elle ne puisse être considérée comme importante pour la population, est un facteur aggravant et peut avoir une incidence au niveau local ou dans les petits noyaux de population.